Ziel einer Reform musste es also sein, die vorhersehbaren Verkehrszuwächse zu einem großen Teil auf die Schiene zu bringen und der Bahn durch Einführung von Marktprinzipien und unternehmerischer Eigenständigkeit eine stärkere Ausrichtung auf die Bedürfnisse des Marktes und der Kunden zu ermöglichen. Zudem mussten Vorgaben der Europäischen Union umgesetzt werden, die eine Verbesserung der Wettbewerbsbedingungen für die Bahn und deren Gleichstellung mit den anderen Verkehrsträgern einschließlich des diskriminierungsfreien Zugangs zum Schienenverkehrsmarkt forderten. Schließlich sollten die Bahn finanziell lebensfähig und die Belastungen der öffentlichen Hand reduziert werden (www.bmvbs.de).

Das vom Bundesverkehrsministerium erarbeitete Konzept zur Reform des Eisenbahnwesens mündete schließlich im Eisenbahnneuordnungsgesetz. Die Bahnreform (wie sie meist verkürzt genannt wird) regelte die gesetzliche und organisatorische Ordnung der beiden bundeseigenen Bahnen neu, sowie die Zuständigkeit für die Ausgestaltung des Schienenpersonennahverkehrs (Re­gionalisierung) und die Öffnung der (Bundes-)Schienenwege (freier Netzzugang).
 
Das Eisenbahnneuordnungsgesetz wurde 1993 verabschiedet und trat zum 1. Januar 1994 in Kraft.
 

Die gesetzliche und organisatorische Neuordnung der beiden bundeseigenen Eisenbahnen startete mit der Verschmelzung der Reichsbahn und der Bundesbahn zur Deutschen Bahn AG als privatwirtschaftlich organisierte Eisenbahngesellschaft des Bundes. Allerdings übernahm die Deutsche Bahn AG nur die unternehmerischen Teile der früheren Bundesbehörden Bundesbahn und Reichsbahn, also den Betrieb der Strecken und Bahnhöfe sowie die Fahrzeuge (Lokomotiven und Wagen). Die hoheitlichen Aufgaben im Bereich Genehmigung und Unternehmensaufsicht (bis dato war die Bundesbahn gleichzeitig ihre eigene Aufsichts- und Genehmigungsbehörde!) wurden dem ebenfalls neu gegründeten Eisenbahnbundesamt (EBA) übertragen; die Schulden von Bundes- und Reichsbahn sowie die nicht für den Eisenbahnbetrieb notwendigen Immobilien wurden dem neuen Bundeseisenbahnvermögen (BEV) zur weiteren Verwertung zugeschieden. Die auch für Westfalen zu­ständigen Außenstellen von EBA und BEV haben ihren Sitz in Essen.

Die bisherige regionale Einteilung der Zuständigkeiten in Bundes- und Reichsbahndirektionen, die eine Querschnittsfunktion für ihr jeweiliges Di­rektionsgebiet besaßen, wurden aufgelöst und durch eine funktionale Organisationsstruktur nach Geschäftsbereichen ersetzt, die ihrerseits regionale Zweigniederlassungen gründeten.

Nach einer Zwischenstufe ist die Deutsche Bahn seit 1999 mit der Umsetzung der 2. Stufe der Bahnreform eine Holding mit fünf eigenständigen (Tochter-) Aktiengesellschaften, nämlich den beiden sog. Eisenbahninfrastrukturunternehmen (EIU) DB Netz, verantwortlich für das Schienennetz, und DB Station&Service, die sich um die Bahnhöfe kümmert, sowie den drei Eisenbahnverkehrsunternehmen (EVU) DB Railion (heute DB Schenker) für Güterverkehr, DB Reise & Touristik (heute DB Fernverkehr) und schließlich DB Regio für den Regionalverkehr. Auch die von der EU geforderte Trennung von Netz (Infrastruktur) und Betrieb wurde im Rahmen der 2. Stufe der Bahnreform 1999 endgültig vollzogen.

2008 wurden unter dem Dach der DB Mobility Logistics AG (DB ML AG) im Hinblick auf die Teilprivatisierung der Personenverkehr und andere Logis­tikbereiche des Bahn-Konzerns gebündelt, um einen Teil der Deutschen Bahn AG an die Börse bringen zu können, ohne die in der DB AG verbleibenden Infrastrukturunternehmen zu tangieren. Diese sollen weiterhin im Eigentum der Bundesrepublik Deutschland bleiben.

Der ursprünglich für den Herbst 2008 geplante Börsengang der DB ML AG ist aufgrund der unmittelbar vorher einsetzenden Wirtschaftskrise von der Bundesregierung jedoch auf unbestimmte Zeit verschoben worden.

Heute befindet sich die auch für Westfalen zuständige Niederlassung West der DB Netz AG in Duisburg, hinzu kommen zwei Regionalnetz-Niederlassungen in Münster (Münsterland-Ostwestfalen) und in Hagen (Bergisch-Märkisches Land). In den nördlichen und östlichen Randbereichen Westfalens ist – historisch gewachsen – DB Netz Nord in Hannover zuständig. Die (nordrhein-)westfälischen Bahnhöfe werden vom Regionalbereich West der DB Station&Service AG betreut, der Regionalverkehr von der DB Regio NRW GmbH (beide Düsseldorf). Die westfälischen Regionallinien der DB Regio z. B. werden von Dortmund aus gesteuert, das (landesweite) Expressnetz aus Düsseldorf. Die re­gionale Niederlassung des Fernverkehrs (Region West) ist in Köln angesiedelt.

Der dritte Bestandteil der Bahnreform war die Schaffung eines freien Eisenbahnverkehrsmarktes, in dem neben der DB AG auch andere Eisenbahnunternehmen Transportleistungen anbieten können. Dafür wurde eine Differenzierung der Eisenbahnunternehmen in Eisenbahnverkehrsunternehmen (EVU) und Eisenbahninfrastrukturunternehmen (EIU) vorgenommen. Ein EIU betreibt ein Schienennetz und Stationen, ein EVU bietet Zugleistungen im Personen- oder Güterverkehr an. Dabei kann ein Unternehmen sowohl EVU als auch EIU sein, wie z. B. die DB AG. Um den freien Wettbewerb (s. Beitrag Hübschen) sicher zu stellen, ist der diskriminierungsfreie Zugang zur Infrastruktur gesetzlich festgelegt worden. Jedes EVU hat im Rahmen vorhandener Kapazitäten das Recht, gegen Zahlung einer Gebühr mit seinen Zügen die Infrastruktur der EIU zu nutzen. Aufgrund anfänglicher Konflikte wurde dem Eisenbahnbundesamt 2001 zusätzlich die Aufgabe einer Regulierungsbehörde zugewiesen; 2006 ging diese Aufgabe auf die Bundesnetzagentur in Bonn über.