Für die Ruhr ist die Umsetzung des Auenkonzepts Mittlere Ruhr im Bereich von Arnsberg-Neheim (s. Beitrag Vielhaber) bis Wetter (Ruhr) geplant. Auch hier sieht das Konzept u. a. vor, künstliche Uferbefestigungen zu entfernen, um eine eigendynamische Entwicklung des Flusses zu fördern und somit die Überflutungshäufigkeit der Aue zu erhöhen sowie Laufveränderungen des Flusses aus eigener Kraft zu initiieren. Eine derartige Eigendynamik zeigt u. U. erst nach langer Zeit die gewünschten gewässermorphologischen Strukturen, ist jedoch wesentlich kostengünstiger als ingenieurtechnische Eingriffe des naturnahen Wasserbaus. Um die Durchgängigkeit des Gewässers für die zahlreichen Gewässerlebewesen zu gewährleisten, sollen Wehre möglichst entfernt oder mit Fischtreppen ausgestattet werden, da insbesondere Wanderfische zum Erreichen ihrer Laichplätze auf einen ungehinderten Aufstieg angewiesen sind. Die Ausweisung einiger Auen als Naturschutzgebiete soll den heutigen Zustand sichern. Im Idealfall kann diese Ausweisung die gesamte Überflutungsaue mit angrenzenden naturschutzwürdigen Flächen umfassen. Ist dies aufgrund großer Interessenkonflikte nicht möglich, sollen zumindest die regelmäßig überfluteten Bereiche mit wertvollen Lebensgemeinschaften und Flächen, die für den Biotopverbund bedeutsam sind, in ein Naturschutzgebiet einbezogen werden. Zum Erhalt der Auendurchgängigkeit ist beabsichtigt, zu beiden Seiten einen möglichst breiten unbewirtschafteten Uferstreifen auszuweisen. Eine hierzu erforderliche Extensivierung der Flächennutzung in der Aue, beispielsweise die Umwandlung von Acker in Wiesenfläche, kann nur auf freiwilliger Basis erfolgen. Grundlage der Extensivierungen sind vom Land Nordrhein-Westfalen angebotene Bewirtschaftungsverträge, die als privatrechtliche Vereinbarung mit den Landwirten abgeschlossen werden. Hierin sichert das Land den Landwirten nach Ertragsklasse und Extensivierungsgrad gestaffelte Ausgleichsbeträge zu. In den letzten 10 Jahren hat das Staatliche Umweltamt Hagen rund 50 ha Ruhrauenfläche v. a. in Fröndenberg, Wickede und Neheim erworben. Alte Ackerstandorte wurden zu Naturschutzgebieten umgewandelt, um sie als naturnahe Mähweiden extensiv, dünger- und spritzmittelfrei nutzen zu können. Bei Neheim ist durch die ökologische Gewässerunterhaltung eine Ufersteilwand entstanden. Hier befinden sich eine landesweit sehr bedeutende Brutkolonie der Uferschwalbe mit über 300 Brutpaaren sowie Nistplätze des Eisvogels. In diesem Bereich sind infolge der Eigendynamik Laufaufweitungen und -verengungen, Schnellen, rückwärtige Stillbereiche, Schotterbänke und Inseln entstanden. Die Umsetzung des gesamten Auenkonzeptes erstreckt sich über den Zeitraum der nächsten 25 bis 30 Jahre.

Im Gegensatz zu den im Rahmen des Gewässerauenprogramms vorgestellten Maßnahmen an Teilabschnitten der großen Fließgewässer Westfalens bezieht die naturnahe Umgestaltung der Emscher das gesamte Einzugsgebiet mit all seinen Haupt- und Nebengewässern ein. Es handelt sich um einen infolge der Industrialisierung und hohen Bevölkerungsdichte anthropogen sehr stark veränderten Raum. Vor Beginn der Industrialisierung floss die Emscher als Flachlandfluss mit einem äußerst geringen Gefälle in einer verkehrs- und besiedlungsfeindlichen Bruchlandschaft. Alljährlich trat der Fluss bei Starkregenereignissen oder zur Schneeschmelze weit über seine Ufer und überschwemmte einen breiten Talboden. Mit Beginn der Industrialisierung, dem Vordringen des Bergbaus in die Emscherzone, der Wasserhaltung und dem raschen Bevölkerungswachstum seit etwa 1850 diente die Emscher zur Ableitung aller ungeklärten Abwässer. Die Ableitungskapazitäten der ohnehin abflussschwachen und zu Überschwemmungen neigenden Emscher wurden durch Bergsenkungen zusätzlich verschlechtert, so dass die Abwässer massive Gesundheitsprobleme bei der Bevölkerung verursachten. Dies führte zur Gründung der Emschergenossenschaft im Jahre 1899, die ab 1904 die Gewässerregulierung durch den technischen Ausbau des kompletten Gewässersystems zu Abwassersammlern vorantrieb. Kanalisierte oder verrohrte, tief eingeschnittene Gewässerbetten, die der schadlosen und schnellen Ableitung der Abwässer dienten, prägten nunmehr die Landschaft. Ein weltweit einmaliges, offenes Abwassersystem war entstanden (Abb. 1; s. Beitrag Wittkampf). Im letzten Viertel des 20. Jh.s wurde dieses System zunehmend in Frage gestellt, da die Bergsenkungen infolge des Rückzugs des Bergbaus abklangen und zugleich die klärpflichtigen Schmutzwassereinleitungen aufgrund zahlreicher Betriebsstilllegungen reduziert wurden. Beides ermöglichte den Aufbau eines konventionellen Abwassersystems mit unterirdischen Kanälen und die naturnahe Umgestaltung der Oberflächengewässer zu Reinwasserläufen (Abb. 2). Erste Erfahrungen mit dem Pilotprojekt am Dellwiger Bach in Dortmund wurden ab 1981 gesammelt und seit 1988 in weitere Planungen umgesetzt. Die insgesamt mit 4,4 Mrd. Euro veranschlagten Kosten für die ökologische Umgestaltung des Emschersystems werden zu einem Großteil für den Bau unterirdischer Abwasserkanäle und Anlagen zur Regenwasserbehandlung eingesetzt. Bis zum Jahr 2014 sollen auf insgesamt 400 km Länge alle unterirdischen Abwasserkanäle fertiggestellt und im Jahre 2020 die gesamte ökologische Umgestaltung des Emschersystems abgeschlossen sein (s. Beitrag Wittkampf).